Từ đầu năm 2015, phân bón đã không phải chịu thuế giá trị gia tăng - mới nghe nhiều người nghĩ đây là ưu đãi lớn cho cả người nông dân và doanh nghiệp sản xuất. Tuy nhiên thực tế, các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước lại đang chịu cảnh thua lỗ vì quy định khiến giá thành sản xuất tăng cao và giá bán phân bón cho người nông dân cũng phải tăng lên.

Nhà máy Đạm Phú Mỹ có công suất thiết kế 800.000 tấn/năm. Đại diện doanh nghiệp cho biết, trước đây, tuy phân bón phải chịu thuế VAT 5% nhưng nguyên liệu đầu vào chủ yếu là khí có thuế VAT 10% nên được khấu trừ thuế. Đến nay, theo Luật thuế số 71, mặt hàng này không phải chịu thuế VAT đầu ra nhưng lại không được khấu trừ thuế VAT đầu vào khiến chi phí sản xuất của doanh nghiệp tăng 400 tỷ/năm.

Trong khi đó, phân bón nhập khẩu được giảm 5% thuế VAT khiến giá rẻ hơn phân bón nội. Hầu hết các nhà máy phân bón trong nước đã phải giảm sản lượng vì bị phân bón nhập khẩu cạnh tranh quyết liệt.

Các doanh nghiệp cho rằng, nếu không sửa Luật thuế 71 theo hướng đưa phân bón vào diện chịu thuế VAT thì ngành sản xuất phân bón trong nước khó trụ vững trong thời gian tới.

Trong khi nhiều nước đã dựng hàng rào kỹ thuật để bảo vệ sản xuất trong nước, việc Luật thuế 71 quy định phân bón không thuộc diện chịu thuế VAT lại tiếp thêm sức mạnh cho phân bón nhập khẩu lấn át phân bón nội. Theo Hiệp hội phân bón Việt Nam, nếu không nhanh chóng sửa đổi quy định trên, nhiều doanh nghiệp phân bón sẽ đứng trước nguy cơ phá sản và một chính sách được ban hành với ý tốt lại trở nên phản tác dụng.

Hiện các doanh nghiệp phân bón đang kiến nghị Quốc hội và Chính phủ sửa đổi Luật thuế theo hướng đưa phân bón vào diện chịu thuế giá trị gia tăng 0% để tạo điều kiện phát triển sản xuất.